Le Vicariat Apostolique de Saint Jean en France, est le siège de l’Ordre par décision magistrale, avec à sa tête le Magister, Prieur Général, Chef et autorité suprême de l’Ordre. Le Vicariat est situé au Prieuré de Saint Jean à Saint Laurent du Var dans le Comté de Nice. Sa mission est d’assurer la permanence religieuse de l’Ordre et de mettre en place des œuvres humanitaires et sociales. Un lieu d’accueil et de paix qui peut également accueillir ceux qui souhaitent se ressourcer, dans un esprit de service et de partage.

Le Magister est assisté par un Coadjuteur, chargé des affaires religieuses et détenteur du « Sceau Magistral. » Le coadjuteur détient la charge de Vicaire et représente le Prieur en cas de nécessité.

Le Vicariat Apostolique dispose d’un lieu de culte qui est la Chapelle Magistrale de l’Ordre. Depuis 2008 et pour concrétiser le concordat avec l’Ordre de Saint Lazare, la chapelle est placée sous la double invocation de « Saint Jean et Saint Lazare. »

Le Magister est détenteur et conservateur du « Trésor de l’Ordre Apostolique de Saint Jean », constitué par des Reliques et des Documents attestant la légitimité de l’Ordre. Des cérémonies de prières et de méditation sont organisées par les religieux du Vicariat apostolique dans la Chapelle Magistrale en présence des Saintes Reliques.

Le Séminaire Saint Pierre et Saint Paul, créé le 23 novembre 2004 par « Lettres Patentes Apostoliques » à Montpellier, est depuis le 1^er janvier 2009 rattaché, par décision du Magister, au Vicariat Apostolique de Saint Jean et a commencé à former des séminaristes dans « l’esprit catholique missionnaire ».

La Chancellerie, est dirigée par le Chancelier Magistral, responsable de l’administration civile de l’Ordre. Il est le représentant du Magister sur le territoire du Languedoc-Roussillon. La chancellerie est installée à Balaruc les Bains d’où elle dirige les activités humanitaires et sociales de l’Ordre.

Les Prieurés, regroupent les membres de l’Ordre dans les régions où ils sont implantés. Chaque Prieuré est administré au nom de l’Ordre par un Prieur, assisté de son Chapitre.

Les Commanderies, sont des subdivisions territoriales des Prieurés. Chaque Commanderie est administrée au nom de l’Ordre par un Commandeur.